Если ваш ресурс является одностраничным веб-приложением (Single page application или SPA) и динамически подгружает контент сайта, то для корректного подсчета статистики вам необходимо будет добавить вызов функции trackPageView в тот момент, когда вы хотите зафиксировать показ новой страницы.
window.top100Counter.trackPageview();
var options = {
project: /номер вашего счетчика/,
trackHashes: true
};
Более подробное описание дополнительных настроек счетчика вы можете прочитать в руководстве разработчика.